Шимозеро– это периодически исчезающее карстовое озеро, расположенное на границе Бабаевского и Вытегорского районов, в восточной части Вепсской возвышенности Вологодской области. Площадь озера в норме немногим более 8 кв.км., глубина- от 3до 12 м. Исчезновение воды из озера наблюдается далеко не каждый год. Ученые пытались установить закономерность такого явления. И хотя строгой периодичности в уходе воды не обнаружено, замечено, что вероятность исчезновения воды в сухие годы больше, чем во влажные.
Локальный бассейн водосброса Шимозера превышает 100 кв.км. В южной части водоема есть карстовая воронка, верхний диаметр которой около 150 м., а нижний примерно в 40 м. от верхнего уреза представляет круглое отверстие диаметром в 10-12 м. с выходом в подземную реку. Это минимальный уровень с глубиной примерно 10м. и вода имеет довольно быстрое течение в подземной реке. Периодически вода через эту воронку из Шимозера уходит настолько, что площадь озера сокращается до 3-3,5 кв.км. Вместе с водой в подземную реку уходит и рыба, затем через неопределенное время (от 1 до нескольких лет) вода из подземной реки начинает заполнять карстовую воронку и заливать высохшее пространство дна озера, пока не заполнит водоем до максимального уровня. Вместе с водой из подземной реки возвращается и рыба. Тайна карстовой воронки, называемой Черной ямой, до сих пор неразгаданна. Входит в реестр уникальных природных объектов и является одним из 7-ми чудес финно-угорского мира.
Географ А. Нечаев так описывал Шимозеро :
«В начале лета оно полно водой, а в июне постепенно мелеет, и из вод его тут и там выступают острова. К осени озеро совершенно высыхает: вода его уходит под землю. На юго-восточном конце Шимозера расположена совершенно правильная круглая котловина — воронка, известная под названием Чёрная яма. Вода, наполняющая её в начале лета, находится в постоянном вращательном движении. Если закинуть здесь рыболовную сеть, то её потянет книзу и скрутит в комок. Когда вода в Шимозере спадает, Чёрная яма превращается в грязный зияющий провал. Впрочем, на дне его остаётся вода, которая то опускается, то поднимается.»